Perteneciente a la predela, junto con San Mateo y San Jerónimo, representa la depuración de las imágenes de Urbino. Humano adoctrinador, de bello rasgos y actividad de simbólica significación, con el mismo virtuosismo en la reproducción de las telas, encarna una figura de ideal inspiración y concreta plástica.

En este San Juan los ropajes son de una maravillosa gama de rojos. Está escribiendo el principio de sus evangelios: "In principio erat verba".